スキャンをした後、画像がアップローダーではなくScanSnapHomeの画面に表示され、そのままアップロードができない場合は連携ができていない状態です。
以下の内容についてご確認ください。

（１）タスクトレイで真ん中にあるアイコンをクリックしてクイックメニューを開きます。

（２）「スキャン画面を開く」をクリック、または「設定＞スキャン設定」を押すと、プロファイルの選択画面が表示されますので、 次に右上の「プロファイル編集」をクリックします。

（３）プロファイル編集画面が開いたら[連携アプリケーション]のプルダウンから「STREAMED Uploader」を選択します。

（４）下図のようにポップアップが出てくるので「はい」を選択します。

（５）[連携アプリケーション]が「Streamed Uploader」になっていることを確認し「保存」をクリックします。

（６）以上で設定は完了です。

後はStreamed Uploader側でスキャンを行うことでSTREAMEDアップローダーが連動し、スキャンができるようになります。